ナルトと君麻呂が死闘を展開する中、サスケが眠る棺桶が爆発！　中から現れたサスケはナルトに背を向けて走り去る。もう手遅れなのか？　しかし音忍たちとの戦いは終わらない！　そして死闘の中、新たな動きが！？

四人目の仲間に“呪印"の起源・重吾を加えたサスケは、目的達成のための小隊を結成! その動きを察知する木ノ葉、“暁"もまた警戒を強める。サスケの標的をイタチに絞ったナルトは、新たな小隊と共に動き出す!!

九尾暴走!! “暁"のスパイだったカブトと接触したナルト達だが、その術は大蛇丸により解かれていた。作戦が失敗する中、大蛇丸はサスケの名を出し挑発する。怒りに任せて九尾の力を解放させるナルトは…!?

兄の想いを知り、自ら進むべく道を決めたサスケ! 利害の一致から“暁"と手を組み尾獣攻略へと乗り出す。そんな中、木ノ葉にも自来也の訃報が仙蝦蟇から届けられる。師匠の死を受け入れられないナルトだが!?

最も親しい友を殺せば、「力」が手に入る…。兄・イタチの言葉通りに「最も親しい友」、ナルトを本気で潰しにかかるサスケ！　ナルトの螺旋丸とサスケの千鳥が激しくぶつかりあう！！　未曾有の死闘の勝者はどっちだ！？

愛する者たちを守るため、ナルト、渾身の一撃が我愛羅に炸裂！！　そして大蛇丸と火影の凄絶な死闘にもピリオドが打たれようとしていた…！！　木ノ葉崩し、終結！！　だが木ノ葉の里に二つの不吉な影が迫っていた！！

激闘の末、ナルトはサスケを連れ戻すことができなかった…。しかし、ナルト以下、木ノ葉の若き忍たちの新たな旅が幕を開ける…!! 若き日のカカシを描いた『カカシ外伝〜戦場のボーイズライフ〜』も同時収録!!

神と呼ばれるペインの正体は“輪廻眼"を持つ六人の戦士。その中の一人にかつての弟子・弥彦の面影を感じる自来也は、その答えに辿り着くが!? 一方、ついにイタチと対峙したサスケ。壮絶な兄弟対決が始まる!!

“第三の試験”の予選、精鋭20名による個人トーナメント戦は緒戦から白熱！　まずサスケとシノ、カンクロウが勝ち残り、いのVSサクラ戦もクライマックス。ナルトの出番は！？　そしてこの後には因縁の対決が…！！

囚われの身となった我愛羅を救出するため、ナルトたちは“暁”のアジトを目指す！　しかし、その前にイタチが立ちふさがる！！　一方、別動隊のガイ一行の前に現れたのは鬼鮫！！　果たして我愛羅の運命や如何に…！？